Havalandırma sistemi, uygun kalitede yeterli taze hava sağlamanın yanında tesis içerisinde çeşitli kaynaklardan oluşabilecek her türlü koku, zehirli gaz, toz ya da enfeksiyona neden olabilecek etmeni, belli sınırların altında tutmada çok önemlidir. Ayrıca, havalandırma sistemi ihtiyaç sınırlarının dışında olan ısı ve nemin de tesis dışına atılmasında yardımcı olur. Havalandırma sisteminin dışarıdan havayı alışından, tesis içerisindeki odalara dağıtımına ve odadaki havanın çekilerek tesis dışına aktarılması sırasında her aşamada HEPA filtreler kullanılarak tesis içerisinde dolaşan havanın temizlenmesi sağlanmalıdır. Havalandırma sistemi, oda içerisinde barınmakta olan canlılara zarar vermeyecek biçimde ve ortam içerisinde ani ya da sürekli oluşacak gürültüyü de engelleyecek biçimde tasarlanmalıdır. Ses, hayvanlar için rahatsız edici olabilir. Yüksek ses düzeyleri ya da ani ses oluşumları hayvanlarda strese neden olmaktadır. Stres hayvan refahı açısından sıkıntılı bir durum olmasının yanında, deneysel verileri de etkileyebilir. Odadaki havanın sürekli bir biçimde yenilenmesi gerekmektedir. Havalandırma hızı, barındırma ve üretim odalarının yoğunluğuna bağlı olarak değişmekle birlikte ortalama; saatte 7.000-10.000 m³ havalandırma hızı yeterli olmaktadır.