Anestezi uygulamasına geçilmeden önce doğru anestezi tipinin seçilmesi gerekir. Uygun anestezi tipi belirlenirken dikkat edilmesi gereken kriterler vardır. Deney hayvanının hem iyi olma halini ve refahını korumak hem de yapılan hayvan deneyi verilerinin güvenilirliğini sağlamak açısından önemli olan bu kriterler;

• Deney hayvanın türü ve yaşı,
• Planlanan işlemin travmaya neden olup olmayacağı,
• Yapılan uygulamanın fizyolojik etkileri,
• Cerrahi işlemin süresi ve işlemin tekrarlanacak olması,
• Farklı cerrahi girişimler için anestezi tekrarının olup olmayacağı,
• Kullanılması planlanan anestezik maddenin deney sonuçlarını etkileme olasılığı olarak sıralanabilir.