Knockout fare kullanmanın birçok önemli avantajı vardır, bunların en önemlileri:
• Canlı organizmadaki her olay bir genetik programa bağlı olduğundan, bir genin devre dışı bırakılmasının kesin ve temiz bir yoldur.
• İlgili genin ürününün etkileri ilaçlar ya da başka kimyasallar kullanılmadan ve onların olası yan etkileri olmadan ortadan kaldırılabilir.• Genlere müdahale, o genin ürününün özellikle davranış üzerine olan etkilerinin belirlenmesinde en etkili yoldur.