Operasyon departmanı gemi ve yüke verilen tüm hizmetlerin organizasyonu ve sunumu ile ilgilenir. Bu departman aynı zamanda en fazla iş gücünün yer aldığı departmandır. Liman ekipman operatörleri, depo görevlileri, CFS personeli, planlamacılar, kantar görevlileri, gemi operasyon uzmanları bu departman içinde kendine yer bulur.