Bir bütün olarak ele alındığında tedarik zinciri sistemi için bütünleşik çözüm üretmeyi zorlaştıran etkenler aşağıda sıralanmıştır. Bu etkenler tedarik zincirinin karmaşıklığı ve barındırdığı belirsizlikle ilişkilendirilebilir.
• Tedarik zinciri çoğu kez geniş bir coğrafyaya yayılmış tesislerin karmaşık bir ağı durumundadır.

• Tedarik zincirinde yer alan tesislerin çoğu zaman birbirinden farklı ve çatışan amaçları
vardır. Örneğin tedarikçiler üreticilerin istikrarlı biçimde, büyük miktarlarda esnek teslim süreleri ile satın almalarını üstlenmelerini istemektedir. Üreticiler ise müşterilerin ihtiyaçlarına, değişen taleplerine karşılık olarak esnek olmak durumundadır. Bu durumda tedarikçilerin amaçları üreticilerin esnek olma düşünceleri ile çatışmaktadır.

• Tedarik zincirleri zaman içerisinde gelişen dinamik yapılardır. Zaman içerisinde sadece müşteri talebi ve tedarikçi yeteneklerinde bir değişim olmamakta bunlarla birlikte, tedarik zincirinde ilişkiler de değişmektedir. Örneğin müşterilerin gücündeki artış, üreticiler ve tedarikçiler üzerinde daha kaliteli ve daha çok çeşit mamul üretmeleri konusunda artan bir baskı oluşturmaktadır.
• Zaman içerisinde sistemde meydana gelen değişkenlikler de göz önünde tutulması gereken önemli bir etkendir. Yapılan sözleşmelerden dolayı talep kesin olarak bilinse bile planlama sürecinde zamana bağlı olarak talepte ve maliyetlerde olabilecek değişimler dikkate alınmalıdır. Mevsimsel dalgalanmaların, promosyon ve reklamların, rakiplerin fiyat stratejilerinin talep ve maliyetler üzerinde etkili olacağı göz önünde bulundurulmalıdır.