Safha maliyetinin sakıncaları;

• Safha maliyeti sistemi, özellikle fiilî maliyet sistemine dayalı olarak uygulandığında, maliyetlerin ancak dönem sonlarında hesaplanabilmesi nedeniyle raporlamada gecikmeler yaşanabilir.
• Mamullerin homojen olmaması durumunda, birim eş değer mamul miktarı ve maliyetlerinin hesaplanması güçleşmekte ve sağlıksız hesaplamalar söz konusu olabilmektedir.
• Yarı mamul stoklarının bulunması ve bunların tamamlanma derecelerinin doğru belirlenememesi hâlinde, birim ve toplam maliyetlerin hesaplanmasında hatalar ortaya çıkabilmekte; stok ve satılan mamul maliyetleri bunlardan olumsuz etkilenebilmektedir.