Disiplin yaptırımını gerektiren fiilin işlenmesi hâlinde bu fiil ne şekilde öğrenilirse öğrenilsin soruşturmaya soruşturma emri ile başlanır. Soruşturma emri yetkili makamca verilmeli, hangi konu veya konularda kim veya kimler hakkında soruşturma yapılmasının istendiği belirtilmeli ve konuyla ilgili belgeler soruşturma emrine eklenmelidir. Soruşturma emrinde fiil, disiplin faili ve soruşturulması istenen hususun, iddianın belirtilmesi gerekmekle birlikte, eğer disiplin faili belli değilse belirlenmesi de istenir. Soruşturma emri doğrudan yetkili disiplin amirinden gelebileceği gibi yetkili disiplin amirinden soruşturma emrini vermesi talep de edilebilir. Örneğin, müfettişlerce yapılan denetim sırasında ihbar veya şikâyet dilekçesi verilmiş ve iddiaların duruma göre önemli nitelik taşıdığı görülmüşse müfettişlerin yetkili disiplin amirinden soruşturma emri istemeleri gerekir. Soruşturma emri verilirken soruşturmacı sıfatıyla soruşturma yapma yetkisi verilen görevlinin, hakkında soruşturma yapılacak kişiye göre daha üst ya da ona eşit düzeyde görev ve ünvana sahip bir görevli olmasına dikkat edilmelidir. Soruşturma emri verilmesine ilişkin iç işlemin itiraz yoluyla incelenmesi, yargı yoluna gidilmesi mümkün değildir.