Buğday, çavdar, arpa, yulaf vb. de bulunan glutene karşı bağışıklık sisteminin gösterdiği reaksiyon sonucunda ortaya çıkan ince bağırsak bozukluğuna çölyak hastalığı denilmektedir. Seyrek de olsa bazı kişilerde özellikle de çocuklarda görülen otoimmün bir hastalıktır. Çölyak hastalığında, bağırsak çeperi, gıda alerjisi reaksiyonlarında olduğu gibi antikorlar tarafından değil, bağışıklık sistemindeki akyuvar hücreleri tarafından hasara uğramaktadır. Yine emilmeyen maddeler dışkı ile atıldığından ishal, bunun yanında mide bulantısı, gaz, yorgunluk, kabızlık, büyümede yavaşlama ve ciltte sorunlar görülmektedir.