Besin intoleransı (duyarlılığı) bir bağışıklık sistemi tepkisinden ziyade bir sindirim sistemi tepkisidir. Besindeki bir maddenin kişinin sindirim sistemini tahriş etmesi veya kişinin besini sindirememesi ya da parçalayamaması sonucunda ortaya çıkmaktadır. Bu yönüyle besin alerjilerinden ayrılmaktadır. Bazı insanlar bazı besinleri tolere edememektedir.