Denetimin yürütülmesi sırasında denetçiler iki önemli test gerçekleştirirler. Bu testler uygunluk testleri (kontrol testleri) ve tözel testlerdir (maddi doğruluk testleri). 

Denetçilerin işletmenin iç kontrol sistemini yeterli düzeyde tanımaları ve anlamaları, denetim standartlarına göre bir zorunluluktur. Çünkü iç kontrol sisteminin yakalayamadığı ve engelleyemediği bazı hataların finansal tablolara kadar yansıması riski vardır. Bu riske kontrol riski adı verilmektedir. Denetçi iç kontrol sistemini değerleyerek, iç kontrol risk düzeyini belirler.

Denetimde Kanıt Toplama Yordamları Denetçiler denetim işlerini yürütürken görüşlerini oluşturacak kanıtları toplamaları gerekmektedir. Kanıtların toplanması için kullanılan çeşitli yordamlar bulunmaktadır. Burada sayılanlarla sınırlı olmamakla beraber, kullanılan yordamlar şu şekilde sıralanabilir: • Fiziki inceleme • Gözlem • Soruşturma • Doğrulama • Belgeleri inceleme • Yeniden hesaplama • Analitik inceleme

Denetçi, soruşturma yapmak için işletme yöneticilerinden başlayarak, işletmede kilit rol oynayan personelle soruşturmasını sürdürür. Denetçinin soruşturma yapacağı kişileri doğru seçmesi çok önemlidir. Yetkisiz ve bilgisiz kişilerle yapacağı soruşturmalar denetçiyi yanıltabileceği gibi, denetçinin işletme içindeki saygınlığına zarar verebilir. Denetçi, soruşturma yaparak özellikle iç kontrol sisteminin işleyişi, iç kontrol konusunda yönetimin desteği, yetki ve sorumluluk hiyerarşisinin işleyişi gibi konularda önemli bilgiler edinebilir.