Bilgisayarların okulöncesi eğitime yönelik en çok endişe uyandıran dezavantajlarından biri aşırı ya da uygunsuz kullanımdan kaynaklanabilecek karpal tünel sendromu, göz kızarıklığı, şişmanlık, uykusuzluk, kramp ve ağrılar gibi fiziksel yan etkilerdir.

Ayrıca okulöncesi öğrencilerle yapılan bazı araştırmalar, öğretim ortamlarının bilgisayar destekli öğretim materyalleri ile desteklendiği sınıflardaki çocukların böyle bir destek görmeyen çocuklara oranla bilişsel gelişimlerinin çok daha üst düzeyde olduğunu göstermektedir.

Bilgisayarların daha önce kendine güvensizlik hisseden okulöncesi öğrencilerin kontrol, kendi kendine yetme, kendine değer verme ve kendine güvenme özelliklerinde artış sağladığına yönelik araştırmalar da bulunmaktadır.

Bilgisayar destekli öğretim etkinliklerinin öğrenciyi sınıf ortamından izole ettiğine dair iddialar, etkinliklerin doğru biçimde kullanıldığında öğrenciyi izole etmek bir yana etkileşimi arttırdığını gösteren araştırmalar yardımıyla çürütülmüştür.