II. Abdullah 1561 yılında babası İskender’i Buhara’da tahta çıkarmasına rağmen, gerçek yönetici kendisi olmuştur. 1557’de Buhara, 1573’te Belh, 1574’te Hisar, 1578’de Semerkand, 1582’de Taşkent, 1583’te Fergana ona tabi olmuştur. Bütün bu başarılarının arkasında şahsi karizması ve kabiliyetinin yanı sıra Cuybarî Hocalarının desteği önemlidir. Yine 1583 yılında tahta çıkışında bu hocaların o dönemdeki şeyhleri Hoca Ebubekir Sa’d Cuybarî önemli bir rol oynamıştır. Han olduktan sonra da fetihlerine devam eden II. Abdullah, 1584’te Bedehşan, 1588’de Herat, 1589’da Meşhed gibi pek çok şehir ve bölgeyi fethetmiştir. Bunun yanı sıra 1583, 1593 ve 1595 yıllarında Harezm, yine 1595 yılında Yarkend Hanlığı’nı işgal etse de, bu işgaller kalıcı olmamıştır. II. Abdullah 8 Şubat 1598’de vefat etmiştir. II. Abdullah Han dönemi, Muhammed Han Şibanî’den sonra hanlığın en güçlü olduğu dönemdir. Bu husus sadece yapılan fetihlerle değil, imar ve iskân faaliyetleri ile de kendisini gösterir. Bu dönemde başta medrese ve camiler olmak üzere pek çok yapının inşa edilmesinin yanı sıra, sulama sisteminin, ticaretin ve yolların geliştirilmesi için önemli adımlar atılmıştır.