Muzafferüddin (1865-1885) zamanında, 1868 yılında Buhara Hanlığı, Rusya tarafından işgal edilerek manda (himaye altında) devlet haline getirilmiştir. Rusya özellikle ilk dönemlerde hanlara doğrudan müdahil olmayıp hanlığın içişlerine karışmamış, hatta ilişkiler işgal öncesindeki şekliyle devam etmiştir. Emîr Abdulahad (1885-1910) her yıl düzenli olarak St. Petersburg’u ziyaret etmiştir. Ancak Rus hükümeti 1887 yılında demiryolu hatlarını hanlığı da içine alacak şekilde genişlettikten sonra iş değişmiş, özellikle başkent Buhara’da Rus yerleşim birimleri oluşturulmuştur. 1905 İhtilali’nden sonra Buhara Hanlığı’nda yenileşme hareketleri belli bir ivme kazansa da gelenekçiler tarafından etkinliği sınırlandırılmıştır. 1917 Ekim İhtilali’nden sonra da varlığını bir süre devam ettiren Buhara Hanlığı, ne var ki, Ağustos 1920’de Kızıl Ordu tarafından işgal edilmiş, son hükümdar Alim Han (1910-1920) tahttan indirilmiştir. Sovyet yönetimi 6 Ekim 1920’de hanlığı ortadan kaldırdığını ve Buhara Sovyet Halk Cumhuriyeti’nin kurulduğunu ilan etmiştir.