1872 yılına kadar, İli ve Urumçi bölgeleri de dâhil olmak üzere bütün Doğu Türkistan’a sahip olan Yakup Bey’in esasında ne siyasi olarak ne de dinî olarak bir asaleti yoktu. Dolayısıyla kontrolü elinde tutabilmek için kendisine tabi ve sayısı 40.000 olarak ifade edilen sadık bir ordu oluşturarak üst düzey devlet görevlerine (hem merkezde, hem de eyaletlerde) de Hokand kökenlileri atamıştır. Hükümdar soyundan olmadığı için han unvanı kullanmamış, bunun yerine daha çok ‘Bedevlet’ ve ‘Atalık Gazi’ unvanları ile yetinmiştir. Hanedan soyundan olmama eksikliğini şeriata ve dinî yapılara önem vererek gidermeye çalışmıştır. Üç yanında yer alan Çin, Rusya ve İngiltere gibi dönemin en güçlü devletleri arasında yok olmamak için güçlü bir diplomasi trafiği yürüten Yakup Bey, 1872 yılında Rusya, 1874’te de İngiltere ile birer ticaret antlaşması imzalamıştır. Bunun yanı sıra Osmanlı Devleti ile de temas kuran Yakup Bey dönemin hükümdarı Sultan Abdulaziz’e 1873’te elçi göndererek tabiiyetini bildirmiştir. Sultan Abdulaziz de ona ‘emîr’ unvanı vermiş, silah ve askerî uzman göndermiştir.