Cüneyd’in şeyhliğine karşı çıkan amcası Cafer, Karakoyunlularla işbirliği yaparak onun Erdebil’den uzaklaşmasını sağladı. Cüneyd, Anadolu’ya gelerek II.Murad’dan kendisine faaliyet gösterebileceği bir yer vermesini istedi. Osmanlı Sultanının bu isteği reddetmesi üzerine Konya’ya giden Cüneyd, Sadreddin Konevî dergahında bir müddet ikamet etti. Burada dergahın reisi Şeyh Abdüllatif ile fikri münakaşaya girişip Şiiîlik konusundaki düşüncelerini açığa vurunca, Konya’dan ayrılmak zorunda
kalıp, Karamanoğullarına tabi olan Varsak Türkmenlerinin arasına gitti. Ancak bu defa Karamanoğullarının baskısı ile buradan da ayrılmak zorunda kalıp, Halep Türkmenlerinin içine gitti.