Eriugena’nın Periphyseon veya Doğanın Bölümlenmesi Hakkında başlıklı eseri bütün bir Ortaçağ boyunca çok rağbet gören bir çalışma olmuştur. Papa III. Honorius zamanında özellikle içindeki şu üç madde nedeniyle suçlanmış ve yargılanmışıtır. Bunlar: 1) Her şey Tanrı’dır; 2) İlahi idealar yaratılmıştır ve yaratırlar; 3) Dünyanın sonunda (kıyamette) cinsiyet farkı ortadan kalkacaktır. Görüldüğü gibi yargılanmasına sebep olan görüşler arasında I ve II numaralı ifadelerde verilenler yer almamaktadır.