Eriugena, doğanın ikinci ayrımı meselesini tartışırken, ilginç bir İncil yorumuna da imza atar. hristiyanların Kutsal Kitabı olan Incil’in başında “Başlangıçta söz vardı” ifadesi yer almaktadır. Eriugena, Periphyseon’un üçüncü kitabında bu konuya değinir. Ona göre Grekçedeki “logos” kelimesini “söz” olarak çevirmek seçeneklerden sadece bir tanesidir. Logos kelimesi aynı zamanda “akıl” veya “neden” anlamlarına da gelmektedir. Dolayısıyla “Başlangıçta akıl vardı” veya “başlangıçta neden vardı” demek de, ilki kadar geçerli olabilecek bir tercih kullanımıdır.