Gerek 1864 Vilâyet Nizamnamesi gerekse daha sonra yapılan düzenlemelerin
tam olarak uygulanamadığı bazı özerk vilâyetler vardı. Devletin genel idari düzeni
dışındaki yerlerden biri olan Lübnan, 9 Haziran 1861 tarihli Lübnan Nizamnamesine göre yönetilmekteydi. Benzer bir durum Girit’te, 1 Aralık 1867’de yürürlüğe giren Girit Vilâyeti Nizamnamesi ile oluşturuldu. Her iki yerde de “bağımsız” idari,adli ve mali yapılar söz konusuydu. Osmanlı Devleti’nin genel idari yapısı dışındakalan bir diğer yer ise Mısır'dı. Bunun yanı sıra yeni düzenlemelerin dışında olan Hicaz, Mekke emirlerinin;Yemen ise imamlarla yerel hanedanların yönetimi altındaydı.