1807 yılına gelindiğinde, nizâm-ı cedîde muhâlefet iyice arttı. Yeni düzenden memnun olmayanlar, yeniçerilerin ve ulemânın da tahrikiyle harekete geçtiler; bir kısım halkın da katıldığı Kabakçı Mustafa isyanı adıyla bilinen isyan sonunda III. Selim tahttan indirildi; yerine IV. Mustafa (1807-1808) geçirildi. Böylece nizâm-ı cedîd hareketine son verildi; III. Selim’in gayretleriyle kurulan yeni ordu dağıtıldı. Saltanat değişimi sırasında, devletin üst kademelerine yeniçerilerin belirledikleri isimler getirilmişti. Bu duruma tepki gösteren III. Selim taraftarı Alemdar Mustafa Paşa, Rusçuk âyânı sıfatıyla ve 15 bin kişilik askeriyle İstanbul üzerine yürüdü. Hedefi, IV. Mustafa’yı tahttan indirip III. Selim’i tekrar başa geçirmek ve yeniçerileri hizâya getirmekti. Bunu haber alan Kabakçı Mustafa önderliğindeki yeniçeriler, III. Selim’i öldürdüler.