Evkaf Nezâreti ilk kurulduğu sırada Kisedarlık, Zimmet Halifeliği ve Sergi Halifeliği adlı üç birimden oluşmaktaydı. Evkâf Nezareti’nin birimlerinden olan Kisedarlık, vakıflarla ilgili bütün yazışmaları (i’lam, takrir ve inhaları) yürütmekten sorumluydu. Zimmet Halifeliği ise, vakıf mukâtaaları (yıllık belirli bir meblağla kiraya verilen gelir kaynakları), sarraflardan alınacak kefâlete bağlı borç tahvilleriyle ilgili işlemleri yürütmek; kira antlaşmalarını düzenlemek, gelirleri tahsil etmek, bunlarla ilgili muhasebe kayıtlarını kontrol etmek gibi işleri yürütmekteydi. Sergi Halîfeliği’nin vazifesi ise, Nezaret’in kasasına gelen paraları alma, muhtelif vakıf kuruluşlarının vakfiyelerine göre yıllık ve günlük gider bütçelerini hazırlama gibi işlerdi. Bütün bu birimlerinbelirtilen hizmetleri yürütmekle vazifeli personeli bulunuyordu.