İda^resi altındaki vakıf­ların niteliği dolayısıyla önem kazanan Haremeyn Neza^reti, dört da^ireden oluşmaktaydı:

1. Evka^f-ı Haremeyn Müfettişliği: Haremeyn Neza^reti’nin kuruluşuyla birlikte ortaya çıkmış bir da^ire idi. Vakıf­larla ilgilenen diğer müfettişliklerden ayrı çalışan ve neza^retin ida^resi altında bulunan vakıf­ların hukuki^ işleriyle uğraşırdı. Bütün vakıf­ların hukuki^ problemlerini ve işleyiş tarzlarını da tef­tiş ederdi.
2. Evka^f-­ı Haremeyn Muha^sebeciliği: Asıl vazi^fesi, vakıf­ların muha^sebe işlerini tef­tiş ve kontrol etmekti. Bununla birlikte da^ru’s-saa^de ağalarının kontrolündeki bütün vakıf­ların vakfiye ve kuruluş gayelerini de tescil eder; bunların vakıf kurucuları tarafından belirlenen şartlara göre ida^resini sağlar, muha^sebe kayıtlarını tutardı.
3. Evka^f­-ı Haremeyn Muka^taacılığı: Haremeyn vakıf­larından olup yıllık maktu^ bir gelir karşılığı kiralanan vakıf ara^zi ve bina^larının kayıtları bu da^ire tarafından tutulurdu.
4. Da^ru’s­saa^de Yazıcılığı:Da^ru’s-saa^de ağaları tarafından ida^re olunan vakıfların bütün yazışmaları bu da^ire tarafından gerçekleştirilirdi.