Bu sırada Balkanlarda Pazvandoğlu, Hicaz’da Vahhabi isyanları devam ediyordu; hazinede finans darlığı vardı; ordu böyle bir savaşa hazırlıksızdı; Fransa’nın Osmanlı Devleti’nin diğer topraklarına da saldırma ihtimali vardı. Bu yüzden Osmanlı Devleti, savaş ilanı kararında acele etmedi ve hazırlıkların tamamlanması için bekledi. Konuyla ilgili hem Babıali’de hem de şeyhülislamlık konağında meşveretler yapıldı. 30 Ağustos 1798 tarihinde uzun süre Mısır valiliği yapmış ancak sadaretinde gerekli tedbirleri alamamış olan Sadrazam İzzet Mehmed Paşa ile onun yakın müttefiki Şeyhülislam Dürrizade Arif Efendi azledildi. Bu ikilinin yerine vezaret rütbesiyle İzzet Ahmed Paşazade Abdullah Bey sadaret kaymakamı, Âşir Efendi de şeyhülislam atandı. Sadaret mührü ise eşkıya takibinde başarıları olan Erzurum Valisi Yusuf Ziya Paşa’ya verildi. Osmanlı Devleti, 2 Eylül 1798 tarihinde de Fransa’ya savaş ilan edip İstanbul’daki Fransız maslahatgüzarı ve elçilik memurlarını Yedikule’ye hapsetti.