Osmanlı ve Rus donanmasına Tepedelenli Ali Paşa’nın karadan destek vermesiyle Doğa
Akdeniz’den kovulan Fransızları Mısır’dan da atmak için hazırlıklar yapıldı. Bu kapsamda
10 Ocak 1799’da Cezzar Ahmed Paşa, Şam ve Trablus eyaletleri, Kudüs ve Nablus Sancakları ile Hac emirliği üzerinde olmak üzere Mısır Seraskerliğine atandı. Cezzar Ahmed Paşa’nın esas görevi Mısır’ı Fransız işgalinden kurtarmaktı. Ayrıca Tırhala Mutasarrıfı Köse Mustafa Paşa’nın da büyük bir orduyla deniz yoluyla Mısır’a gönderilmesi kararlaştırıldı. Sadrazam Yusuf Ziya Paşa da bizzat ordunun başında büyük bir orduyla sefere çıkma hazırlığına başladı. Bu ordunun hazırlanması için de Anadolu ve Rumeli’de tüm şehir ve kasabalara hükümler gönderilerek kimin ne kadar asker vereceği ve bunların nasıl toplanacağı bildirildi.