3 Temmuz 1839’da nezaret bünyesinde yerli ve yabancı tüccarların birbirleriyle ve devletle olan davalarına bakmak üzere Mahkeme-i Ticaret oluşturuldu. Bu tür davalar daha önce İstanbul Gümrük Emanet’inde görülürdü. Mahkemede tüccarlar da temsil edilirdi. 1847’den itibaren yabancı tüccar temsilcilerinin de üyeliğe kabul edilmesiyle karma ticaret mahkemesine dönüşen mahkeme, çalışmalarını uzun yıllar bu şekilde yürüttü ve 1860’ta ikiye ayrıldı. Mahkeme kararlarının temyiz hakkının olmaması, Müslüman tüccarları mağdur etti; çünkü, davalar, genellikle yeni ticari kuralları iyi bilen avukatlarca savunulan yabancı tüccarlar lehinde sonuçlandı. Ticaret mahkemeleri daha sonra taşrada da kurulup yaygınlaştırıldı.