Medreseler ise, Tanzimat döneminde ıslah edilmeyip oldukları gibi bırakıldı. Devletin tercihini yeni eğitim kurumlarından yana koyması neticesinde halk da çocuklarını medreselerden ziyade okullara kaydırdı. Çünkü okullardan mezun olanlar, devlet dairelerinde iş bulabilme şansına sahipti. Tanzimatçılar, medreselerle uğraşıp ulemayı karşılarına almak yerine, yeni okullara imkân tanıyarak medreseleri fonksiyonel olarak etkisizleştirme yolunu seçtiler.