Bütçe kontrolü aşamasında bütçelenen hedeflere ulaşılıp ulaşılmadığı kontrol edilir. Bu kontrol performans raporları üzerinden gerçekleştirilir. Performans raporlarında sadece ilgili yıla ait değil, geçen yıla da dair de bütçe rakamları ve hedefleri yer almalıdır. Bütçeden olumlu ya da olumsuz bir sapma yaşanmışsa bu sapma kontrol aşamasında tespit edilir. Sapma bütçe açısından olumlu olsa bile ilerleyen dönemlerde benzer yanılgıya düşmemek adına sapmanın sebebi mutlaka araştırılmalıdır.