Bu olumsuzlukların başında, öğretmen yardımcılarının eğitim yetersizliği gelmektedir. Bu durum, sınıf içinde öğretmen ve öğretmen yardımcısı arasında aynı dilin kullanılamamasına neden olmakta, bu da ciddi sorunlara yol açabilmektedir. İkinci bir olumsuzluk, öğretmen yardımcısının sürekli bir rehbere gereksinim duyması ve öğretmenin fazla zamanını almasıdır. Bunun yanı sıra bazı durumlarda, öğretmen ve öğretmen yardımcısının rol ve sorumluluklarının açık bir biçimde tanımlanmamış olması, tanımlanmış olsa bile uygulamada buna uyulmaması karışıklıklara neden olabilmektedir. Bir diğer önemli sorun, kaynaştırma öğrencisinin bir yetişkine bağımlı olması ve bu nedenle akranlarıyla etkileşime girmemesidir. Çevresinde ona her seferinde yardımcı olan bir yetişkinin bulunması durumunda kaynaştırma öğrencisi hem bu yetişkine bir bağımlılık geliştirebilmekte hem de akranlarıyla hiç etkileşime girme gereksinimi duymamaktadır.