Öğrenme güçlüğünün nedeni kesin olarak bilinmemekle birlikte etki eden faktörler organik nedenler, genetik nedenler, çevresel nedenler ve biyokimyasal nedenler olarak dört grupta toplanabilir. Organik nedenler beynin ölçüsündeki ve işleyişindeki farklılıklarla kendini göstermektedir. Genetik nedenlerin öğrenme güçlüğünde kesin bir neden olduğu henüz tam olarak kanıtlanmamıştır. Ancak bazı bulgular örneğin okumada güçlük yaşayan annelerin çocuklarında da okumada güçlükler görüldüğü yönündedir. Bunların yanı sıra, çevresel nedenler de öğrenme güçlüğü üzerinde etkili olabilmektedir. Özellikle de nitelikli olmayan eğitimin öğrenme güçlüğünü tetiklediği bilinmektedir. Bir diğer neden olarak belirtilen biyokimyasal bozukluklar ise boyalı yiyeceklere, tatlandırıcılara olan alerjileri ve vitamin eksikliklerini içermektedir.