Katma değer vergisinin en önemli özelliği indirim mekanizmasına sahip olmasıdır. Nihai tüketiciye kadar olan bütün safhalarda katma değer vergisi alınmakta ancak her bir safhada hesaplanan katma değer vergisinden bir önceki safhanın vergisi düşülerek sadece o safhada eklenen değer vergiye tabi tutulmaktadır. Bu sayede; vergiden vergi alınması, her safhada alınan vergilerin mal ve hizmetin bünyesinde kalması, o mal veya hizmet üzerine ağır bir vergi yükü yüklenmesi gibi durumlar önlenerek, aynı tür mal ve hizmetlerin aynı vergi yükünü taşıması sağlanmaktadır. Buna göre mükellefler, vergiye tabi işlemler üzerinden hesaplanan katma değer vergisinden;

• Kendilerine yapılan teslim ve hizmetler için hesaplanan katma değer vergisini
• İthal olunan mal ve hizmetler için ödenen katma değer vergisini,
• Götürü usulden gerçek usule geçmeleri hâlinde çıkarılan envantere göre hesap dönemi başındaki mallara ait katma değer vergisini indirebileceklerdir.

Bu mekanizma katma değer vergisinin otokontrolünü sağlamaktadır. Zira indirim hakkından yararlanmak isteyen mükellef alışları için fatura talep edecek bu durum karşı tarafı fatura kesmeye (katma değer vergisi hesaplamaya) zorlayacaktır. Bu aynı zamanda gelir vergisine de fayda sağlayacaktır.