Varyans Analizi uygulanabilmesi için bazı koşulların sağlanması gerekir. Bu koşullar; grupların çekildiği ana kütleler Normal dağılıma sahip olmalı, karşılaştırılan gruplar birbirinden bağımsız olmalı ve grupların varyansları eşit olmalı seklinde sıralanabilir.

Varyans Analizinde, toplam değişim bileşenlerine ayrıldığı için yukarıda belirtilen üçüncü varsayım çok önemlidir. Çünkü farklı varyanslı grup ortalamaları karşılaştırıldığında, gruplar arası değişim için sistematik hata yapılmış olur.