Kağıda dayalı kayıtların zayıf olduğu yönleri; içerik, format, erişim, bütünlük olmak üzere dört ana başlıkta toplamak mümkündür. Hasta Kayıt İçeriği ile İlgili Problemler: Hastaya ait veriler eksik, okunaksız ya da yanlış kaydedilebilmektedir. Hastanın muayenesi sırasında gerekli sorulmamakta, testler istenmemekte ya da test sonuçları kaydedilmemektedir. Bu nedenle içerikte önemli eksiklikler ortaya çıkmaktadır. Bazı kayıtlarda ise, gereğinden fazla kayıt tutulmaktadır. Format ile İlgili Problemler: Kağıda dayalı kayıtların fiziksel yapıları kullanışsız olabilmektedir. Kayıtlar bölünebilmekte, düzensiz olabilmekte ya da uygun sıralanmamaktadır. Özellikle bu konuda eğitim almamış kişiler tarafından tutulan kayıtların kullanımı sırasında sorunlar olabilmektedir. Erişim, Elde Edilebilirlik ile İlgili Problemler: Hekimler dosyaları odalarında tutmakta, hastalar aynı günde iki yere muayene olmakta ya da sağlık kuruluşu dışına götürmektedirler. Bu durum kayıtlara ihtiyaç duyulduğunda erişimi engellemektedir. Kayıtlara ulaşıldığında ise istenen veriye ulaşmakta zorluklar da olabilmektedir. İstenen veriye erişmek, zaman alıcı, yorucu hatta bıktırıcı olabilmektedir. Bağlantı ve Bütünlüğün Sağlanması ile İlgili Problemler: Kağıda dayalı sistemlerde kayıtlar üretildiği sağlık kuruluşunda kalmaktadır. Hastanın farklı anda farklı yerlerde sağlık hizmeti gereksinimi olması durumunda bu durum önemli bir sorun olmaktadır. Hasta bir sağlık kuruluşunda olan kayıtlarını bir başka sağlık kuruluşuna taşıyamamaktadır. Kurumlar arasında geliştirilen birçok uygulama bile yetersiz kalabilmektedir.