Sağlık hizmetleri alanında en önemli sorun, gelir-gider dengesinin sağlanarak sağlam bir yapı içerisinde büyümektir. Mali bilgiler, hastanelerde işlem performansını gösterme açısından yönetime yardımcı vazgeçilmez bir unsurdur. Bu bakımdan mali bilgi sistemi, hastanelerde verimlilik performansını değerlendirmede yöneticilerin vazgeçemeyecekleri bir bilgi kaynağıdır. Buna göre bir mali yönetim bilgi sisteminin amaçlarını şu şekilde sıralamak mümkündür: Günlük muhasebe işlemlerini yürütmek, Yatırım kararlarında giderin en aza indirilmesi için gerekli sayısal bilgileri sağlamak, Verimli ve etkili mali alt bilgi sistemleri geliştirmek, İşlemlerin denetim ve değerlendirilmesi amacıyla yönetime bilgi sağlamak.