Pasif ve aktif klinik karar destek sistemi olmak üzere iki tür klinik karar destek sistemi vardır. Pasif karar destek sistemi, hasta ile ilgili bilgileri toplayan örgütleyen ve hekimin kullanımına sunan bilgi sistemleridir. Bu sistemin temel işlevi karar seçeneklerini üretmek değil, hekime doğrudan bilgi sağlamaktır. Aktif karar destek sistemi, hekime tanı koyma ve tedavi planı geliştirmede doğrudan yol gösterir.