Sağlık finansmanının diğer bir fonksiyonu olan havuzlama (fon biriktirme), sigortalı nüfus adına ön ödemeli sağlık gelirlerinin birikimi olarak tanımlanabilir. GSS programına üyelik, bağımlılar dahil olmak üzere zorunludur. GSS havuzunun temel gelir kaynağı çalışanlar ve işverenlerden toplanan primlerdir. Havuza katkılar ödeme gücüne göre, havuzdan faydalanma ise ihtiyaca göre olmaktadır. Gelirlerin havuzlaması SGK tarafından merkezi olarak gerçekleştirilmektedir.