Farklı amaçlara uygun olarak laboratuvarlarda çok çeşitli mikroskoplar kullanılmaktadır. Stereomikroskop (Binoküler), Faz Kontrast Mikroskobu, İnterferens Mikroskobu, Karanlık Alan Mikroskobu (Ultramikroskop), Polarizasyon Mikroskobu, Ultraviyole Mikroskobu, Cerrahi Mikroskop, Elektron Mikroskopları, Transmisyon (Geçirme) Elektron Mikroskobu (TEM), Scanning (Tarama) Elektron Mikroskobu (SEM).