Eş zamanlı PCR sistemi klasik PCR kullanımına göre avantajları şunlardır: Hassas, verimli, hızlı ve kontaminasyon riski düşüktür. Klasik PCR belirli sayıda çevrimden sonra ölçüme izin verirken eş zamanlı PCR veriyi eksponansiyel büyüme fazında elde eder. Raportör floresan sinyalindeki artış doğrudan üretilen PCR ürün miktarıyla orantılıdır. Hedef sekansı tespit eden dinamik aralık oldukça geniştir. PCR sonrası ek işlemlere ihtiyaç duymaz. Duyarlılık başlangıç materyalindeki sadece 2 katlık bir değişime kadar düşürülebilmektedir.