Pirodizileme sisteminin diğer dizi analizi yöntemlerine göre avantaj ve dezavantajları şöyle özetlenebilir:
Avantajları:
• Metod çok örnekli işlemler için kolaylıkla adapte edilebilir.
• Geleneksel metodlarla kıyaslandığında maliyet daha efektiftir.
• Sekanslama reaksiyonları oda sıcaklığında ve fizyolojik pH’ta gerçekleşir.
• Sinyal yakalanması yaklaşık 2 dakikalık çevrimlerledir.
• Etiketlenmiş primerlere, nükleotidlere ve jel elektroforezine olan ihtiyacı kaldırır.
• Kısa zincirler oldukça verimli sekanslanabilir: Sinyal-gürültü oranı 40 çevrimden sonra bile oldukça yüksek kalabilmektedir.
• Düşük frekanslarda bulunsa bile allel kantifikasyonu yapılabilir.
• Bilinmeyen sekans varyantlarını tespit edebilir.
Dezavantajları:
• Katı faz uygulamasındaki her nükleotid ilavesinde yapılan yıkama materyal kaybına sebep olduğu için sinyal kalitesini düşürür.
• Sıvı faz uygulamasındaki apirazın etkinliği ilerleyen döngülerde ara maddelerin
birikmesi sebebiyle azalır.
• Sıvı faz uygulamasındaki apiraz ve DNA arasında spesifk olmayan etkileşim gözlenir ve bu durum nükleotid degrede edici aktivitenin kaybına yol açar.
• Homopolimerik bölgelerde 5’ten daha fazla aynı ardı sıralı nükleotidinin korporasyonunu takiben oluşan salınım lineer olmamasından dolayı diziye katılan nükleotidlerin doğru sayısının tespiti zorlaşır.
• PPi ile gerçekleşecek kontaminasyon sinyal-gürültü oranını önemli ölçüde düşürür. Tamamlanmamış nükleotid inkorporasyonları da arka plan sinyalini önemli ölçüde arttırır.
• Ekzonükleaz içermeyen DNA polimerazın kullanımından dolayı nükleotid inkorporasyon güvenirliği yeterince yüksek değildir.
• Uzun sekanslar için kalıp materyalin ve baz/maliyet oranının stabilitesi iyileştirilmelidir.
• Yanlış primer bağlanması fragmentasyona ya da enzimatik parçalanmaya yol
açarak reaksiyon karışımındaki kalıp DNA’nın harcanmasına ve böylelikle sinyal
kaybına yol açabilir.