Yaptırım uygulama yetkisi kapsamında kurul, gözetim yetkisi çerçevesinde yaptığı denetimler neticesinde ilgili düzenlemelere aykırı uygulamaları tespit ettiğinde Kanun’da öngörülen yaptırımları uygulamaktadır. Bu yaptırımlar genellikle idari para cezası şeklinde gerçekleşir (bkz. SerPK m. 103 vd.). Kurul mahkemelerin yetkisine giren hapis cezası veya adli para cezası uygulama yetkisine sahip değildir. İdari para cezası haricinde de kurulun yaptırım uygulama yetkisi bulunmaktadır. Mesela ilgili düzenlemelere aykırılık sebebiyle ilgili kuruluşların faaliyette bulunmalarına izin vermekten kaçınabilme ya da bunların faaliyetlerini durdurmaya yetkilidir.