Ayrıca, bu yaklaşımın aşağıda sıralanan dezavantajları ya da tehlikeleri bulunmaktadır. Ancak uygun bir disiplin ile bu tehlikeler ortadan kaldırılabilir.
• Sistem analiz fazlarına olan ihtiyacı sanıldığı gibi ortadan kaldırmaz. Prototipleme, yanlış problemleri ve fırsatları, geleneksel olarak geliştirilmiş sistemler kadar kolay çözer.
• Bir prototipleme, hiçbir zaman kâğıt üzerinde yapılan spesifikasyonların yerini
alamaz. Örneğin, kâğıt üzerinde bir tasarım olmadan hiç kimse bir araba motoru
prototipleyemez. Bu nedenle, prototipleme, diğer yöntemlerin yerine değil onların tamamlayıcısı olarak kullanılmalıdır. Kâğıt üzerindeki tasarımın ayrıntıları azaltılabilir ama tamamen elenemez.
• Çok sayıdaki tasarım bileşenleri prototiplemede ele alınmaz. Bu bileşenler, dikkat edilmezse unutulabilir.
• Prototiplemede, genellikle geliştirilen ilk tasarım olgunlaşmamıştır.
• Prototiplemede, sistem kapsamı genişleyebilir ve karmaşıklığı birden artabilir. Bu da kontrolü kaybetmeye neden olabilir.
• Prototip, tasarımlarda yaratıcılığı azaltabilir. Analistlerin, tasarımcıların ve son
kullanıcıların, daha iyi çözümleri aramasını engelleyebilir.