Doğa bilimlerinde deney yapılabilmesi, gelecekte aynı koşullar söz konusu olduğunda ne olacağına dair kesin tahminlerin yapılabilmesini sağlar. Fakat sosyal bilimlerin konusunu oluşturan toplum, birey ve grup ilişkileri karmaşık bir etkileşim içinde olduğu ve insanların özgür iradeleriyle karar değiştirme olasılıkları söz konusu olduğu için sosyal bilimlerde tahminde bulunmak doğa bilimlerinde olduğu kadar kolay değildir.

Doğa bilimlerinde bilim insanı, incelediği nesnelere müdahalede bulunamaz ve onları etkileyemez. Sosyal bilimlerde ise araştırmacılar inceledikleri toplumun üyesidirler ve inceledikleri insanları etkileme ve onlardan etkilenme olasılıkları vardır.

Doğa bilimleri doğal olayları teker teker ele alıp aralarındaki neden sonuç ilişkisini inceleyebilir. Sosyal bilimciler ise hangi olguyu incelerlerse incelesinler, toplumsal dünyayı bir bütün olarak ele almak zorundadırlar çünkü toplum yapısı karmaşıktır ve neden sonuç ilişkilerini etkileyen çok sayıda faktör vardır.