Bu dönemde Türkiye Kafkasya’da da güvenliğine yönelik tehditler algılamıştır. Azerbaycan ile Ermenistan bağımsızlıklarını ilan etmeden başlayan Karabağ çatışmaları, bağımsızlık ilanlarını takiben savaşa dönüşmüş, Türkiye her an topraklarına sıçraması ihtimali olan yeni bir çatışmayla karşı karşıya kalmıştır. C¸atışmalar sonucu Türkiye ile Ermenistan birbirlerini güvenlik tehdidi olarak algılar hale gelmiştir.