Apoptozisi ise programlanmış hücre ölümüdür. Bu ölüm yollu organogenezis, doku yenilenmesi ve orta derecede hasara uğramış hücrelerin yenilenmesi için kullanılır. Apoptoz, hücre ve hücre organel bütünlüğü bozulmaksızın ATP (Adenosine Triphosphate) enerjisi kullanılan genler tarafında kontrol edilen bir süreç sonucu gerçekleşir. Apopotik hücreler en son makrofajlar tarafından fagosite edilerek uzaklaştırılır. Apoptoz üç yolla gerçekleşir; (1) ekstrinsik yolla bir madde (tümor nekroze edici faktör-TNF gibi) hücrenin ölüm reseptörlerine bağlanarak başlar; (2) serbest oksijen radikalleri gibi ajanlar mitokondri içine kalsiyum girişini tetikleyerek başlattığı mekanizma ve (3) çekirdek DNA hasarı ile başlayan yol.