Somatik sinirlerin çapları büyük ve hızlıdır. Otonom sinirlerin çapları küçük ve yavaştır.

Otonom sinirler istemli çalışan iskelet kası gibi organları, Somatik sinirler ise istem dışı fonksiyon yapan düz kas, kalp kası ve bezler gibi organları aktive ederler.

Somatik sinir yaralanır ya da kesilirse aktive ettiği kas atrofiye olur. Otonom sinir sisteminin aktive ettiği kaslarda bu durum söz konusu değildir

Somatik sinirler için merkezi inhibisyon söz konusu iken otonom sinirler hem merkezi hem de sinaps sonrasındaki post sinaptik nöronda inhibe edilebilirler.

Somatik motor sinirlerin hücre gövdeleri merkezi sinir sistemindedir. Otonom sinir sisteminin hücre gövdeleri hem merkez de hem de periferdedir.