Atlarda kan gruplarının belirlenmesi önemlidir. Atlarda yedi sistem bulunmaktadır. Atlarda biyokimyasal polimorfizm görülmektedir. Atlarda görülen hemolitik sarılık, kan grubu belirlenen atların çiftleştirilmesi ile önlenebilmektedir. Kan gruplarının belirlenmesinde moleküler temelli teknikler yaygınlaştığından DNA temelli olarak yapılabilmektedir. Hırsızlık olaylarında ya da yarış atlarının soyunun belirlenmesi amacıyla kan gruplarının belirlenmesi ile ebeveyn tespitinin yapılması mümkündür.