Deoksiribonükleik asit, adından da anlaşıldığı üzere düşük pH’ye sahiptir. Birbirlerine hidrojen bağları ile bağlı olan çift sarmal yapı pH 4-11 seviyelerinde genellikle kararlı yapıda olmasına rağmen, bu değerler aşıldığında kararsız hale gelerek iki ayrı polinükleotit zinciri haline gelir. Çift sarmal haldeyken viskozite değeri, tek zincir haline göre daha yüksektir. Çift sarmallı heliks yapının kararlılığı aynı zamanda ısıdan da etkilenmektedir. Isının 70 °C’den yüksek değerlere çıkması (özellikle 70-90 °C), yapıdaki hidrojen bağlarının kopmasına neden olur. Heliks yapıdaki DNA zincirinin ayrılması işlemine denatürasyon denir. Denatürasyon olayı ilk önce adenin-timin arasında gerçekleşir.