Gen yapısı, prokaryot ve ökaryot canlılarda farklılık göstermektedir. Ökaryot canlılardaki gen yapısının temel farkı kodlanmayan dizilerin de genler arasında bulunmasıdır. Bu yapı parçalı gen yapısı olarak adlandırılmıştır. Buna göre, genlerdeki kodlayan bölgeler ekzon, kodlama özelliği olamayan diziler ise intron adını almaktadır. Ökaryot organizmaların çoğunun genom yapısı yüksek oranda intronlardan meydana gelmiştir. Transkripsiyon aşamasında ökaryotik hücrelerde intronların kesilip çıkarılması ve ekzonların birleştirilmesiyle m-RNA oluşturulup protein sentezi devam ettirilir. Bu işleme intron kesimi ya da Splicing mekanizması adı verilmektedir. Prokaryotlarda ise böyle bir oluşum yoktur. Ökaryotlarda enhancer adı verilen özel bölgeler mevcuttur.