DNA da replikasyonun başlaması için çift iplikli DNA sarmalında iki ipliğin ayrılması, denatüre olması gerekir. İpliklerin birbirinden ayrıldığı yerde replikasyon çatalı oluşur ve açılan bu noktadan başlayarak her iki ipliğin karşısına yeni iplik sentezlenir. Replikasyon çatalının oluştuğu bu özel bölgelere replikasyon orjini denir. Yani DNA da replikasyon herhangi bir yerde değil belli noktalarda başlar ve bu noktalar türler için özeldir. Prokaryot canlılarda replikasyon orjini bir tanedir, replikasyon bu noktadan başlayarak her iki yöne doğru ilerler. Bu kadar çok olmasının nedeni ökaryot genomunun prokaryot genomuna göre daha büyük olması ve ökaryotlarda replikasyon hızının prokaryotlara göre 20 kat daha yavaş olmasıdır.