Bakteriler binomial sisteme göre isimlendirilmektedir. Bakterilerin bilimsel isimleri genellikle iki kelimeden oluşmaktadır. İlk kelime cins (genus) ismini gösterir ve ilk harfi büyük olarak yazılır. İkinci kelime ise, tür (species) ismi olup küçük harfler ile yazılır. Bunun yanı sıra bütün canlı isimleri italik olarak yazılır. Bacillus anthracis.