Üst ve alt solunum sisteminde bulunan silialı epitel hücreleri ve mukus tabakası birlikte önemli bir koruyucu etkiye sahiptir. Lizozim serebrospinal sıvı, ter ve idrar hariç tüm vücut sıvılarında bulunur ve bakterilerin hücre duvarında bulunan peptidoglikan tabakasını bozarak antibakteriyel etki gösterir. Ayrıca bağırsaklardaki kriptin adı verilen peptitler mekanizması tam olarak bilinmeyen bir şekilde bazı bakteriler üzerine toksik etki gösterir. Tüm bunlar dış savunma sistemine ait olarak değerlendirilirken; nötrofil, eozinofil ve makrofaj gibi fagositik hücrelerin de iç savunma hattında önemli bir rolü vardır.