Basit boyama mikroorganizmalar hakkında kısa süre içinde bilgi edinmek için tek boya solüsyonu kullanılır. Basit boyamada, boya preparata bir defa uygulanır ve bakteriler boyaların karakterine göre boyanırlar. Bunun için kullanılan boyama yöntemleri arasında Kristal viyole ile boyama, Metilen mavisi ile boyama, Negatif boyama ve Karbol fuksin ile boyama bulunurken gram boyama bileşik boyama yöntemidir. Bu boyamalar birden fazla boyanın uygulanması ile yapılan boyama yöntemleridir.